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Aug 19, 2023

糖尿病性足骨髄炎患者の骨および潰瘍床生検における培養、分子培養、およびイルミナ 16S rRNA 遺伝子アンプリコン配列間の一致

BMC 感染症第 23 巻、記事番号: 505 (2023) この記事を引用 188 アクセス メトリクスの詳細 臨床現場では、糖尿病性足骨髄炎 (DFO) の診断は培養に依存しています。

BMC 感染症第 23 巻、記事番号: 505 (2023) この記事を引用

188 アクセス

メトリクスの詳細

臨床実践では、糖尿病性足骨髄炎 (DFO) の診断は、骨または潰瘍床 (UB) 生検の培養に依存しており、骨生検が参照標準です。 一部の細菌は増殖が遅い、または気難しい性質があるため、迅速な検出と同定が妨げられます。 高速分子技術は両方の問題を解決する可能性がありますが、日常の実践における付加的な価値は不明です。

われわれは、DFO患者における従来の培養、分子技術Molecular Culture（MC）、およびイルミナ16S rRNA遺伝子アンプリコン（16S）シーケンス間の一致を調査した。

BeBoP 試験では、アムステルダム UMC を訪れた DFO 患者から骨と UB の生検材料が採取されました。 これらの生検は、1) 従来の培養、2)MC、16S-23S リボソーム間領域を分析する高速広範囲 PCR、および 3) 16S シーケンスを使用して分析され、これらの技術間の一致性が評価されました。

18 人の 20 サンプル (骨 11 個と UB 9 個) を分析しました。 合計 84 種の病原体が同定され、そのうち 45 種（54%）はすべての技術により、さらに 22 種（26.5%、全体の 80.5%）は MC と 16S の両方により、残りの 16 種は培養と MC または 16S、または培養法により同定されました。単一のメソッドのみ。 MC と 16S は、5 つのサンプルの培養では検出されなかった嫌気性菌と、8 つの培養陰性サンプル (6 つの骨、2 UB) のサンプルのうち 7 つで細菌の存在を特定しました。

MC と 16S 間の高度な一致と、培養では検出されないさまざまな細菌を検出する分子技術の追加機能により、DFO を含む臨床現場での高速分子技術の日常的な使用の可能性が開かれます。

BeBoP 試験は、2019 年 5 月 3 日に遡及的にオランダ試験登録番号: NL 7582 に登録されています。

査読レポート

糖尿病性足骨髄炎（DFO）は重篤な感染症であり、迅速に治療しなかった場合、糖尿病および足潰瘍を患う人々の下肢切断の主な原因となります。 しかし、標的抗生物質を十分な情報に基づいて選択するために必要な、DFO のすべての原因菌を迅速に臨床的に特定することは困難です。 最初のハードルは、外部汚染を引き起こすことなくサンプルを適切に採取することです。 スワブサンプルは頻繁に使用されますが、培養に関しては生検よりも劣っており [1,2,3]、経皮的 (または外科的) 無菌的に採取された骨サンプルの培養陽性は骨髄炎の存在の証拠とみなされます [4]。 骨床生検または潰瘍床生検の培養がより良い転帰につながるかどうかは、現在、大規模な国際多施設BonE BiOPsy (BeBoP) 試験で研究中です[5]。 現在、得られたサンプルを培養することが細菌検出の参照標準となっています [4]。 培養の利点には、直接顕微鏡検査を実行できること、および抗菌剤感受性をテストできることが含まれます。 抗菌薬感受性の結果により、標的を絞った抗生物質療法が可能になります。 ただし、制限としては、1) 培養方法が実際の原料を調査するのではなく、細菌の増殖に依存していること、2) 結果が得られるまでに数日かかること、特に成長の遅い微生物の場合は 3) 一部の (潔癖な) 細菌では結果が得られない可能性があることなどが挙げられます。成長するため、検出されないままになることもあります[6、7、8]。 これらの制限により、標的抗生物質の投与速度が妨げられ、存在しても培養できない細菌が報告されず、治療されないため偽陰性結果が生じる可能性があります。 これにより、潜在的な感染が残留し、最終的には有害な転帰のリスクが増大する可能性があります。

分子技術、特に高速分子技術は、細菌の存在を識別する感度を高める可能性がある。 これらの技術は細菌の増殖に依存せず、細菌のデオキシリボ核酸 (DNA) (つまり、ソース物質) の存在をサンプルから直接検出します。 この技術は、サンプルに培養困難な細菌が含まれる可能性がある場合にも有利であり、DFO のより迅速な同定と治療に貢献する可能性があります。